Na sklonku svého života koupil primas Maisel pozemek na jižním okraji pražského židovského ghetta pro účel stavby soukromé synagogy. Roku 1591 získal od císaře Rudolfa II. Zvláštní povolení a rok na to, na svátek Radosti z Tóry (Simchat Tora) byla modlitebna zasvěcena. Maiselova synagoga byla velice výstavní, vybavena bohatým pokladem synagogálních textilií a opon. Při požáru ghetta v roce 1689 Maiselova synagoga vyhořela a zůstalo jen zdivo pilířů a obvodových zdí. Avšak do roku 1691 byla rekonstruována a v polovině 19. století upravena v novogotickém slohu.